首要，生物有机肥不易进入土壤层。因为生物有机肥依赖于其分解有机物的活性，因而一定要在必定的温度、湿度、浸透率、有机质条件下到达其活性。过深会影响生物肥料的活性。因而，生物有机肥应在地表以下10～15厘米处施用。

当施用生物有机肥时，不宜与单一肥料混合运用。单一化肥因为其成分单一，且酸碱度不同，假如很多施用，必然影响生物有机肥的生物活性。因而，独自施用生物有机肥是*好的。

此外，生物有机肥的施用更为重要，尤其是茄科蔬菜。轮作现象是不可避免的。因为温度、湿度、透气性、有机质和苗木根系单薄等因素的影响，即便添加一些生物肥料和微肥，也很难敏捷发挥作用。一方面，它能够缓解因未熟有机肥和化肥不分解构成的营养缺失，及时向根系供给营养，给根系供给一个杰出的生长环境，促进根系的早期构成。