生物有机肥生产的技术含量相对较高，除了在腐熟过程中要加入促进有机物料腐熟、分解的生物菌剂，以实现定向腐熟、除臭等目的外，在产品中还需要加入具有特定功能的微生物，以提升产品的作用效果。
生物有机肥与其他肥料的对比

1.生物有机肥与化肥相比：
1）生物有机肥营养元素齐；化肥营养元素只有一种或几种。
2）生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3）生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4）生物有机肥能改作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5）生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
2.生物有机肥与精制有机肥相比：
精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。
1）生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，不含有益菌。
2）生物有机肥不但含有丰富的有机质而且还有功能菌及部分大量元素，；精制有机肥不含菌
3.生物有机肥与农家肥的区别：
1）生物有机肥腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
2）生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3）生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
4.生物有机肥与生物菌剂的区别：
1）生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，价格高达上万元。
2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后有利用菌种的存活；尤其是有机质含量低的土壤。而生物菌剂不含有机质。
由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、中草药等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。