水溶肥一般采取浇施、喷施，或者将其混入水中，随同灌溉（滴灌、喷灌）施用。
需要提醒的是，采用滴灌施肥时，由于作物根系生长密集、量大，对土壤的养分供应依赖性减小，更多依赖于通过滴灌提供的养分。如果水溶肥配方不平衡，会影响作物生长。
另外，水溶肥千万不要随大水漫灌或流水灌溉等传统灌溉方法施用，以避免肥料浪费和施用不均。
配合施用。水溶肥料为速效肥料，一般只能作为追肥。特别是在常规的农业生产中，水溶肥是不能替代其他常规肥料的。要做到基肥与追肥相结合、有机肥与无机肥相结合、水溶肥与常规肥相结合，以便降低成本，发挥各种肥料的优势。

尽量单用或与非碱性农药混用。蔬菜出现缺素症或根系生长不良时，不少农民多采用喷施水溶肥的方法加以缓解。
在此提醒，水溶肥要尽量单独施用或与非碱性的农药混用，以免金属离子起反应产生沉淀，造成叶片肥害或药害。
避免过量灌溉。以施肥为主要目的灌溉时，达到根层深度湿润即可。不同的作物根层深度差异很大，可以用铲随时挖开土壤了解根层的具体深度。
冲施肥是大概念水溶肥的一种，简单、粗糙，是在大棚、小拱棚或沟施肥用的肥料，价位在1000-3000元/吨之间。
水溶肥一般被认为是高档肥料，主要用于滴灌、喷灌，比较精细。冲施肥和水溶肥都分为大量元素肥料和含中微量元素的大量元素肥料两种，还有含氨基酸、腐殖酸等的肥料。
水溶肥水溶性更好，没有沉淀物，不论喷灌或滴灌都完全溶解，价位3000-60000元/吨不等，具体选用什么肥要看具体情况而定。无论什么肥料，质量标准都应有养分的含量、功能、溶性等。